Rattachés au monastère franciscain de Jérusalem, les deux sanctuaires commémorant la flagellation et la condamnation à mort de Jésus marquent le début du chemin de Croix. Construite au XIIè siècle par les croisés, l’église de la Flagellation a pendant un temps été abandonnée, avant d’être rachetée par les Franciscains en 1838. À l’intérieur de l’édifice, des vitraux représentent le jugement de Pilate, la flagellation de Jésus et la libération de Barabbas.
Beaucoup plus récent, le sanctuaire de la Condamnation, qui se trouve juste à côté, a été reconstruit en 1904, sur les ruines d’une église médiévale. Le pavement de la chapelle se compose de grandes dalles, généralement considérées comme le Lithostrôtos de l’évangile (Jn 19,13).
